Der Planet Hyda IV im Jahr 722 des SD-Kalenders: Vierhundert Jahre lang haben Menschen und außerirdische Rassen friedlich neben- und miteinander gelebt. Der Einfluss der Pangalactic Federation, welche den Planeten beherrscht, hat sich weiter ausgeweitet. Doch dieser friedliche Planet ist nun zum Ziel einer Invasion durch eine unbekannte Supermacht geworden. Der Spieler schlüpft in die Rolle von Fayt Leingod, der von seinen Eltern getrennt wird und dazu gezwungen ist von Hyda IV zu fliehen. Er beginnt eine Odyssee in das Unbekannte, um Fayts Eltern und seine Freundin Sophia wiederzufinden.