Die TimeSplitters sind zurückgekehrt und drohen erneut, den Planeten Erde in das Verderben zu ziehen. Dieses mal haben sie sich vorgenommen, die Evolution der menschlichen Spezies zu verändern. Der Spieler muss diese zeitreisenden Verbrecher über die Jahrhunderte verfolgen, vom staubigen Wilden Westen im Amerika der 1850er über die Gangsterepoche der frühen 30er bis in die entfernte Zukunft in eine Roboterfabrik im Weltraum.