Im Jahre 2065:
Eine verwüstete Erde, auf der nur wenige Lebensformen existieren können. Eine Invasion von Außerirdischen droht auch den letzten Rest der Menschheit und jegliches weitere Leben auszulöschen.
Es gibt nur eine Hoffnung, das Schicksal aller zu retten und die Eroberer zu eliminieren: die Wissenschaftlerin Aki Ross. Mit Hilfe ihres Mentors Dr. Sid und der Kampftruppe "Deep Eyes" sucht sie nach den letzten Überresten der Schlüsselkomponenten, die die Erde retten könnten.

Ein Rennen gegen die Zeit beginnt -­ und gegen den militanten General Hein, der die einzig mögliche Chance darin sieht, eine riesige Space-Kanone auf die Feinde abzufeuern.