Abscheuliche Kreaturen fallen über Manhattan ein. Die Truppen, die beauftragt wurden, die Tumulte einzudämmen, nennen die ihnen völlig fremde Lebensform nur "The Twisted". Innerhalb eines Jahres wird eine eigene Untersuchungskommission mit Namen CTI gegründet. Das sogenannte "Overdive System" wird zur Gegenwehr entwickelt, doch es gibt nur eine geeignete Kandidatin - Aya Brea.

Ein realitätsnahes Setting wird mit einer für Square Enix typischen Fantasiewelt verwoben. So kreieren die Spielinhalte ein abschreckendes Szenario, das gar nicht so weit von der Realität entfernt ist; angefüllt mit realistischen, imaginären Momenten voller Schönheit und Schrecken zugleich.

Die Special Edition beinhaltet zusätzliche Inhalte, die im Januar bekannt gegeben werden.