In El Shaddai - Ascension of the Metatron schlüpfen die Spieler in die Rolle von Enoch, der gefalleneEngel bekämpfen muss. Versagt er, droht eine Sintflut, um ihr Reich zu vernichten. Dabei steht ihm Lucifel zur Seite, ein Engel, der ihm nützliche Ratschläge gibt. Dabei gilt es zunächst, Enochs Kampffähigkeiten zu trainieren, damit er gegen seine Feinde Bestand haben kann.