Quantum Theory spielt in einer Zeit, in der es kaum noch Überreste menschlicher Zivilisation gibt. Überall auf der Erde entstehen seltsame Türme aus dem Nichts. Türme, die nicht nur mysteriöse Lebewesen beherbergen, sondern auch selbst zu leben scheinen. Im Kampf gegen diese Bedrohung schlüpft der Spieler in die Rolle des Hauptcharakters Syd, der gemeinsam mit einer Gruppe tapferer Krieger das Geheimnis der Türme zu ergründen versucht. Dabei trifft er auf Filena, deren Vater für die Entstehung der Türme verantwortlich ist. Fortan kämpfen Syd und Filena Seite an Seite gegen die fremde Macht. Die Gründe für ihren Kampf könnten aber unterschiedlicher nicht sein...