Begib dich wieder in Warios verrückte Welt, denn er spielt erstmals die Hauptrolle in einem 3D-Actionspiel - und das exklusiv auf dem Nintendo GameCube. Tief in Warios Burg ist eine Schatzkammer, in der all die Kostbarkeiten liegen, die er in seinen Abenteuern auf dem Game Boy und dem Game Boy Advance angehäuft hat. Unter anderem findet sich dort auch ein mysteriöser schwarzer Edelstein ... ein Edelstein mit seltsamen, überirdischen Kräften ... Während Wario schläft, macht der Edelstein Warios Schatzkammer zu einem Hort voller Monster, und verwandelt den Keller von Warios Burg in ein bizarres Paralleluniversum. Als er am nächsten Morgen einen Blick in den Keller wirft, aber nur unglaublichen Schrecken zu sehen bekommt, stürzt sich Wario in die andere Welt, um sich seine hart verdienten Schätze wieder zu holen.