In Last Rebellion gibt es zwei Hauptcharaktere - Nine und Aisha. Nine ist ein Schwertkämpfer, der auf physische Attacken spezialisiert ist und Aisha verwendet Zaubersprüche gegen ihre Gegner. Als Spieler könnt Ihr während des Kampfes zwischen den beiden Protagonisten hin und her wechseln. Dem Wechsel zwischen den Charakteren kommt dabei eine strategisch wichtige Rolle zu.

Während des Kampfes können verschiedene Körperteile anvisiert werden, was unterschiedliche Folgen hat: So bewirkt eine Attacke auf die Beine das der Gegner langsamer wird. Eine Attacke auf den Arm hingegen schwächt dessen Angriffe ab.