Killzone 2 spielt 2 Jahre nach dem ersten Teil und zeigt wie die ISA diesmal gegen die Helghast vorgehen werden. Die Interplanetar Strategische Allianz (ISA) greift Helghan an und sie denken, dass sie in zwei Wochen mit der Verhaftung von Scolar Visari den Planeten einnehmen und die Helghast vertreiben sowie den Krieg ein Ende bereiten können. Doch schnell eskaliert die Situation und Colonel Jan Templar (Killzone) schickt die neuen Teams ins Schlachtfeld.