Die Mitglieder einer terroristischen Organisation haben eine neue chemische Waffe entwickelt und erpressen damit die lokalen Staatsvertreter. Ein Delta Force Team wird nach Mexiko geschickt, um der Organisation den Garaus zu machen. Als Mitglied des Teams ist der Spieler in Terrorist Takedown 3 mitten im Geschehen und kämpft für Frieden und Sicherheit auf der Welt.