Armageddon verlagert das Geschehen unter die Oberfläche des Mars, während das Schicksal des gesamten Planeten in der Schwebe hängt. Die Spieler werden als Darius Mason kämpfen, um die Menschheit vor der größten Bedrohung zu retten, die es je gab. Die Kolonisten kämpfen in den unterirdischen Minen ums Überleben, denn die Oberfläche ist mittlerweile unbewohnbar geworden. Als Darius Mason, der Enkel der Revolutions-Helden Alec Mason und Samanya, versehentlich das Böse aus seinem urlangen Schlaf weckt, läutet dies das Armageddon auf dem Mars ein.