50 Jahre nach den ersten Auseinandersetzungen auf dem Mars, schlüpft der Spieler in die Rolle eines Widerstandskämpfers der wiedervereinigten Red Faction Bewegung, die sich im Freiheitskampf mit der Earth Defense Force befindet, welche sich vom einstigen Befreier zum Unterdrücker gewandelt hat. Auf einer frei begehbaren Marsoberfläche nutzt der Spieler die physikalisch korrekt zerstörbare Umgebung um seine Feinde in actiongeladenen Guerrillagefechten zu bezwingen.