Vor etwa einem Monat hat die hinterhältige Organisation WWW versucht, einen Militärsatelliten zu beschlagnahmen. Jetzt wird das Cyberspace durch eine neue Gefahr bedroht, den verheerenden Zero-Virus. Es liegt nun an euch, Lan und Mega Man, diese neueste Gefahr abzuwenden. Ihr müsst Bosse besiegen und in der virtuellen Welt alle möglichen Probleme lösen. An die Arbeit!