Die Story beginnt mehrere Jahre nach dem Ende von Risen: Wütende Titanen haben die Welt in Trümmer gelegt und die Menschheit an den Rand der Vernichtung getrieben. Nun tauchen zu allem Unglück aus den Tiefen der See monströse Kreaturen auf. Ihre ständigen Angriffe machen die Seefahrt so gut wie unmöglich und schneiden den verzweifelten Menschen die letzten Versorgungswege ab. Die Freibeuter von den Südlichen Inseln sollen als einzige Menschen ein Mittel gegen die Seeungeheuer gefunden haben.