Der Spieler tritt als Sgt. James Heller in das Geschehen, ein verdienter Veteran, dessen Leben durch den von Mercer freigesetzten Blacklight Virus zerstört wurde. Nachdem seine Frau und Tochter durch die Seuche dahingerafft wurden, meldet sich Heller freiwillig zum militärischen Einsatz, der das Virus davon abhalten soll, sich über die Grenzen von NYZ auszubreiten.