Naruto Shippuden - Ultimate Ninja Storm 2 ist die konsequente Fortsetzung von "Storm 1" und führt die "Shippuden"-Storyline das erste Mal auf den NextGen-Konsolen ein. Getreu der TV-Serie folgt der Spieler der Handlung von Naruto Shippuden. Der Spieler muss die richtigen Kampfgefährten auswählen, um mit explosiven Team-Special-Techniken die Kontrahenten zu besiegen. Naruto wird auf eine Vielzahl verbrecherischer Akatsuki Charaktere treffen und in einer überraschenden Wendung der Geschichte sogar Sasuke, seinem früheren Weggefährten gegenüberstehen.