Der Protagonist von Ghosthunter ist Lazarus Jones... ein idealistischer, junger Polizist. In seiner ersten Arbeitswoche findet er zusammen mit seiner Partnerin Anna Steele zufällig die Arbeitsstätte von Professor Peter Richmond, der in den siebziger Jahren im geheimen Forschungszentrum des US-Militärs die Existenz von Geistern entdeckte. Nachdem das ahnungslose Paar aus Versehen des Professors gesamte Sammlung an Geistern frei lässt, fängt sich Lazarus die Fähigkeit des zweiten Blicks ein, mit dem er übernatürliche Gestalten sehen kann, während seine Partnerin von einem bösen Wesen entführt wird. Nur zögerlich übernimmt der anfangs skeptische Lazarus die Rolle eines Geisterjägers, um Steele zu finden und die Geister wieder ins Lager des Professors zurückzuverbannen. Das Labor des Professors (das sich in einer ungenutzten Schule befindet, die einige Jahre zuvor Schauplatz einer Reihe brutaler, ungelöster Mordfälle gewesen war) dient als zentrale Anlaufstelle, von der aus man zu den anderen Orten gelangen kann. Die Umgebungen, z. B. ein verlassenes Schiff, ein Sumpf, ein altes Gefängnis und ein Schrottplatz, ähneln in den Ausmassen denen von Primal, sind aber von der Aufmachung her wesentlich bedrückender. Lazarus" Arsenal umfasst zu Beginn herkömmliche Waffen der "echten" Welt, mit denen er Geister so weit schwächen kann, dass er sie einfängt.