Der Shinra-Konzern gewinnt durch sein Monopol auf Mako-Energie und seine militärische Macht immer mehr an Einfluss. Die aufblühende Stadt Midgar ist der Hauptsitz des Konzerns und zugleich ein Symbol für dessen Aufschwung. Shinra steht kurz davor, die absolute Weltherrschaft an sich zu reißen. SOLDAT ist eine perfekt ausgebildete Kampftruppe innerhalb des Shinra-Konzerns. Die Elite dieser Gruppe - diejenigen, die stark genug sind, den Rang eines Erste-Klasse-SOLDATEN zu bekleiden - wird von der Bevölkerung geschätzt und verehrt. Zack ist ein junger Zweite-Klasse-SOLDAT, dessen großes Ziel es ist, in die erste Klasse aufzusteigen. Seine Tage verbringt er damit, unter der Leitung seines Mentors, der Erste-Klasse-SOLDATEN Angeal, verschiedene Aufträge auszuführen. Während einer Mission in Wutai verschwindet eine große Gruppe von SOLDATEN, die von Erste-Klasse-SOLDAT Genesis angeführt werden. Die äußerst ernste Lage veranlasst die Shinra-Vorsitzenden, noch mehr SOLDATEN in das Gebiet zu entsenden, in der Hoffnung, den Krieg mit Wutai zu beenden - und das massenhafte Verschwinden der Männer zu untersuchen.