Bei Prototype 2 wird der Spieler mitten in das Zombie verseuchte New York City versetzt. Dort kann er sich völlig frei bewegen. In den Stiefeln von Sergeant Heller schlägt sich der Spieler in einzigartiger Prototype-Manier durch Horden angriffslustiger Mutanten und erlebt Action in einer völlig neuen Dimension!