Von Crash Bandicoot unbemerkt haben Neo Cortex und Ripto (Spyros Dauerfeind) durch geheime unterirdische Protale Kontakt miteinander aufgenommen und planen nun gemeinsam die Herrschaft über das Universum zu gewinnen. Die beiden Bösewichter teilen sich ihre Ressourcen und weiten ihren Machtbereich aus, um bald beide Welten mit ihren bösen Helfershelfern zu überschwemmen. Crash und Spyro müssen zusammenarbeiten, um herauszufinden, was diese neue Bedrohung bedeutet und um diese aufzuhalten, bevor das Universum verloren ist.