Der Wahnsinnige Dr. Neo Cortex hat N. Trophy, Herrscher über die Zeit angeheuert, um ein weiteres Mal den verrückten Versuch zu unternehmen, die Weltherrschaft zu erlangen. Unterstützt von seiner Schwester Coco und ihrem Freund Aku-Aku ist Crash Bandicoot bereit, sich diesem Kampf zu stellen. Cortex hat jedoch noch eine andere Überraschung auf Lager. Er hat ein teuflisches Wesen aus den ersten Tagen der Schöpfung heraufbeschworen - Aku-Aku's niederträchtigen Zwillingsbruder Uka-Uka.