Phantasy Star Online Episode I & II zeichnet sich durch zahlreiche Innovationen aus. Neben völlig neuen Charakterklassen, Waffensystemen und Gegnern, haben die Entwickler auch an zusätzliche Spielmodi gedacht. So können sich beispielsweise bis zu vier Spieler simultan im neuen Split-Screen-Modus in das Abenteuer stürzen.