Jesse, der als kleiner Junge dem Orca-Wal Willy zum Sprung in die Freiheit verhalf, hat einen Ferienjob auf einem Forschungsschiff ergattert. Dort will er helfen, den mysteriösen Rückgang des Walbestandes aufzuklären und hofft natürlich auch, seinen alten Freund Willy wiederzusehen. Gar nicht weit entfernt, begleitet der zehnjährige Max seinen Vater zum ersten Mal auf dessen Fischerboot.
Aber das verbirgt ein Geheimnis, das Willy und seine Familie schon bald bedroht. Gemeinsam starten Jesse und Max eine gefährliche Rettungsaktion. Ein spannender Wettlauf mit der Zeit beginnt ...