Nach Nemos Entführung bricht für den überfürsorglichen Clownfisch-Vater Marlin eine Welt zusammen - wird er seinen einzigen Sohn je wiedersehen? Er nimmt seinen ganzen Mut zusammen und macht sich mit der schusseligen Doktorfischdame Dory auf den Weg, um Nemo zu retten. Doch in tückischen Drop-offs und gefährlichen Strömungen lauern zahlreiche Gefahren wie hungrige Haie, giftige Feuerquallen und andere Tücken auf Dory und Marlin. Und auch Nemo muss feststellen, dass sein Aquarium-Gefängnis alles andere als sicher ist... Werden die beiden je wieder eine kleine Clownfischfamilie sein?