In Phineas und Ferb: Quer durch die 2. Dimension landen Phineas und Ferb zusammen mit ihrem Haustier, dem Schnabeltier Perry, in einem Paralleluniversum. In dieser 2. Dimension muss Perry sein Doppelleben als Geheimagent aufdecken, um Phineas und Ferb vor dem dort sehr erfolgreichen Bösewicht Dr. Doofenschmirtz zu beschützen, der die Tri-State Area in seiner Gewalt hat. Gemeinsam mit ihren Freunden der geheimen Widerstandstruppe unter der Führung von Candace kämpfen die drei gegen gefährliche Monster und bizarre Roboterarmeen und setzen Phineas und Ferbs Erfindungen des Sommers ein, um die finsteren Pläne von Dr. Doofenschmirtz ein für alle Mal zu durchkreuzen... (Move Motion)