Ein halbes Jahrhundert ist vergangen, seit die Widerstandsbewegung der Red Faction und die Marauder den Mars von der Diktatur der Earth Defense Force (EDF) befreit haben. Doch eine neue, geheimnisvolle Bedrohung scheint in den Schatten zu erwachen - nicht weniger tödlich als die EDF. Nach der Zerstörung einer riesigen Terraforming-Anlage, die den Mars mit einer erdähnlichen Atmosphäre versorgt hatte, verwandelt sich das Klima in ein lebensfeindliches Chaos. Gewaltige Tornados und Gewitterfronten hüllen den Planeten ein und machen ein Leben auf der Oberfläche unmöglich. Die Kolonisten fliehen in die unterirdischen Tunnels und Kavernen, die der Bergbau auf dem Mars geschaffen hat. Dort bauen Sie ein Netzwerk aus Stützpunkten und Siedlungen auf, um ihr Überleben zu sichern. Fünf Jahre später betreibt Darius Mason, Enkel der Revolutionshelden Alec Mason und Samanya, ein einträgliches Geschäft in der Siedlung ''Bastion''.