Schon war Orre in Sicherheit geglaubt - da ziehen unheilvolle Schatten auf und ergreifen Besitz von den Herzen der Crypto-Pokémon. Das Land droht, aus dem Gleichgewicht zu geraten! Eine abenteuerliche Odyssee beginnt, auf der sich die Spieler in atemberaubenden Kämpfen gegen die Trainer der verzauberten Pokémon beweisen müssen. Von Anfang an steht ihnen dabei Evoli zur Seite, der zu einem der geschicktesten und stärksten Pokémon aller Zeiten heranwächst. Mit ihm und den anderen Pokémon gilt es nun, das Böse in den Herzen der Crypto-Pokémon zu verbannen. Dabei ist immer wieder Wachsamkeit gefordert, um den tückischen Angriffen der verdunkelten Crypto-Pokémon zu entgehen. Zum Glück steht den Trainern ein hilfreiches Werkzeug zur Verfügung: Der Aura-Sucher bringt das typische Leuchten der Crypto-Pokémon ans Tageslicht und kann die verdunkelten Kämpfer so enttarnen. Im finalen Showdown muss sich der Spieler dem Kampf mit Dark Lugia stellen - einem Pokémon auf den Tiefen des Meeres. In einem packenden Einzelspieler- oder im actionreichen 2- oder 4-Spieler-Modus kann der Spieler dem Geheimnis von Dark Lugia auf den Grund gehen und so die Crypto-Pokémon heilen und erlösen.