Eine völlig neue Bedrohung gefährdet die Menschheit: Durch Zufall sind Zellteile von Godzilla in ein schwarzes Loch im Weltall gelandet und mutieren dort zu einem furchtbaren Monster: Spacegodzilla. Der neue Kampfroboter Mogera versucht vergebens, das Grauen aufzuhalten. Inzwischen wird Godzilla durch einen speziellen Sender mit dem telepathisch begabten Mädchen Miki verbunden und kann so von den Menschen kontrolliert werden.
Inzwischen plant Spacegodzilla die Menschheit zu vernichten und die Erde für sich einzunehmen. Das gesamte Schicksal der Welt hängt nun an Godzilla, der sich auf die gewaltigste Schlacht der Menschheit gegen das übermächtige, außerirdische Monster vorbereitet.