Kurz vor dem Ende von F.E.A.R. befindet sich eine Spezialeinheit auf einer Routinemission, als die Stadt Auburn von einer übernatürlichen Explosion erschüttert wird. Alma, ein Mädchen mit immensen Kräften und einem unstillbaren Durst nach Rache, hat ihren Zorn auf die Stadt losgelassen und diese ins Chaos gestürzt.