Wir schreiben das Jahr 2008, stadtweite Stromausfälle, Sabotage an den Börsen. Nationale Verteidigungsanlagen werden auf elektronische Art und Weise entführt. Die informationsbasierte Kriegsführung hat sich zur größten Bedrohung der globalen Stabilität entwickelt. Der Spieler schlüpft in die Rolle Sam Fishers, Third Echelons talentiertester Splitterzelle. Fisher ist mit der Untersuchung einer neuen Quelle informationsbasierter Angriffe, deren Ursprung auf Nordkorea zurückzuführen ist, beauftragt. Zur erfolgreichen Durchführung der Mission müssen zahlreiche unkonventionelle Mittel der Spionageabwehr Anwendung finden, um an wichtige Daten zu gelangen, gegnerische Operationen zu stören und feindliche Ziele zu neutralisieren.