Die Story von Rainbow Six Vegas 2 läuft parallel zu den Ereignissen von Teil 1. Der Spieler übernimmt die Rolle von Bishop, einem Top-Commander der Rainbow-Kräfte, ebenbürtig seinem Mitstreiter Logan Keller aus Teil 1. Beherzt führt er sein Team durch das Chaos, um der Bedrohung durch Terroristen, allen voran Alvarez Cabrero, ein Ende zu setzen und Vegas ein für alle mal zu befreien. Ghost Recon 2: Im Sog einer der schlimmsten Hungersnöte Nordkoreas übt ein hinterlistiger nordkoreanischer General Einfluss auf die Regierung aus und bewirkt, dass für humanitäre Hilfe benötigte Mittel zur Aufrüstung der Armee verwendet werden. Durch Sorge über die zunehmenden Rüstungsstärke stellt das neue chinesische Regime seine Waffenverkäufe an Nordkorea ein. Im Gegenzug veranlasst die Regierung Nordkoreas geheime Zuwendungen an Russland. Beide Länder bilden fortan eine verdeckte Allianz. Inmitten einer erneuten Hungersnot treffen Nordkorea schwere nahrungsbedingte Unruhen, die der hinterhältige General ausnutzt, um die komplette Kontrolle über die Armee an sich zu reißen. Er macht China für die Hungersnöte verantwortlich und beginnt mit der taktischen Unterstützung Russlands, seines neuen Verbündeten, nördlich in chinesisches Territorium vorzudringen. China bereitet sich auf eine entsprechende Gegenreaktion vor, versucht dabei jedoch das Ausmaß der Eskalation gering zu halten, um einen offenen Konflikt - und eventuellen Nuklearwaffeneinsatz - mit Russland zu vermeiden. Stattdessen erlaubt China offiziell den Einsatz einer multinationalen Einsatztruppe zur Absicherung der chinesischen-nordkoreanischen Grenze. Inoffiziell, werden die "Ghosts" und weitere Spezialeinheiten eingesetzt. Ihre Mission lautet: Die nordkoreanische Bedrohung abwehren und den hinterhältigen General zu entmachten.