Blazing Angels Secret Missions zeigt den Zweiten Weltkrieg aus einer neuen Perspektive. Der Spieler übernimmt die Rolle eines Elitepiloten, der Teil einer geheimen Truppe ist. Er stellt sich gefährlichen Missionen in exotischen Umgebungen rund um den Globus. Von einem grossartigen Abenteuer ins nächste muss der Spieler die verheerenden experimentellen Waffen des Dritten Reichs bekämpfen. Die Hauptaufgabe des Geschwaders besteht darin, den Bau einer ultimativen Waffe zu verhindern. Als Unterstützung dienen dem Spieler zahlreiche experimentelle Waffen und Flugzeuge. Blazing Angels Secret Missions entstammt direkt aus den Geschichtsbüchern der geheimsten Projekte des Zweiten Weltkriegs.