Team Pinguin, die unumstrittenen Helden des Zoos, erobern den Nintendo DS und DSi! Skipper, Kowalski, Rico und Private werden in 'Die Pinguine aus Madagascar' mit einer Reihe neuer und verrückter Missionen betraut. Die vier Pinguine müssen zusammenarbeiten, um nützliche Werkzeuge und Gegenstände zu bauen und die Spielabschnitte gemeinsam zu meistern. Dabei wechselt der Spieler immer wieder den zu steuernden Pinguin und löst so aufregende Rätsel, führt akrobatische Manöver aus und schaltet neue Aufgaben frei.