In der nahen Zukunft gibt es das ultimative Gefängnis: 'Exile Chair', eine Maschine, die den Körper des Sträflings vernichtet und nur seinen Geist in der Matrix konserviert.
Jedoch hat hat die von der Zirkon Corporation kontrollierte Maschine einen tödlichen Nebeneffekt.

- In der Matrix ist nun die kriminelle Energie der ganzen Welt gebündelt, die sich zu einer Einheit formiert und über ein Leck im System eine ganze Stadt zu vernichten droht.

Zugleich hat es ein unbekannter Psychopath, der Shadowman, geschafft sich in die Matrix einzuhacken, um die Herrschaft über die Welt zu erlangen. Special Agent Steven Falcon hat seine Verfolgung in den gefährlichen Datenstrom aufgenommen. Schon bald stellt er fest, daß auf der Welt nichts so ist wie es scheint. Wird es ihm gelingen die Menschheit zu retten ?