2015:
15 Jahre nach dem ´Second Impact´, durch den die Hälfte der Weltbevölkerung ausgelöscht wurde, wird die Erde erneut von geheimnisvollen Engeln bedroht. Der Junge Shinji Ikari wird daraufhin als EVA-01-Pilot einberufen, um die Menschheit mit Hilfe dieser geheimnisumwobenen Waffe gegen den Angriff der Engel zu verteidigen. Kolleginnen Asuka Soryu Langley und Rei Ayanami seinen Dienst an. Sie schaffen es, alle Engel zu vernichten, aber als der Frieden greifbar nahe scheint, kommen sie einer dunklen Verschwörung auf die Spur und sie müssen sich einem letzten unerwarteten Angriff stellen!