Die Geschichte von Naval Ops spielt in einem Paralleluniversum, in dem eine Rebellenbewegung von Freiheitskämpfern gegen die Diktatur des Imperiums kämpft. Der Spieler wird in diese Parallelwelt hineingezogen und findet sich zwischen den Fronten wieder. Er schlägt sich auf die Seite der Rebellen, um eine Flotte aus Kriegsschiffen aufzustellen und im Laufe der Missionen immer weiter auszubauen, indem er gegnerische Schiffe und Material erbeutet. Abhängig vom Missionserfolg kann er neue Schiffstypen konstruieren, die technologische Forschung zur Verbesserung seiner Schiffe vorantreiben und neues Equipment zur Verbesserung der eigenen Flotte erwerben. Mit den frisch konstruierten Wunderpötten geht es dann direkt aufs Schlachtfeld: In aufwendig inszenierten 3D-Gefechten mit bombastischen Explosionen gilt es, in actionreichen Seeschlachten den Gegner vom Wasser zu fegen. Die Flotten können mit einem reichhaltigen Arsenal verschiedenster Waffen ausgestattet werden. Von Kanonen aus dem 2. Weltkrieg über die heutigen Cruise Missiles bis zu den Laserwaffen von morgen bietet Naval Ops über 300 verschiedene Waffensysteme und eine realistische Schadensanzeige der havarierten Gegnerschiffe.