In einer Zeit vor unserer Zeit und einer Welt, von der man nur geträumt hat, legte sich ein Schatten über die Insel, und es wurden sechs Helden auserwählt, die größte Herausforderung anzutreten, die es je gab. Mithilfe der unglaublichen Elementarkräfte der Toa liegt es am Spieler, Makuta zu besiegen und Mata Nui zurück ins Licht zu führen. In einem epischen Action-Adventure, in dem das Gute gegen das Böse kämpft, lebt der Spieler die BIONICLE-Legende und muss die verschiedensten Kämpfe bestreiten, Gegenstände finden, Rätsel lösen und Gegenden erforschen. In der Rolle eines Toa, Toa Nuva und schließlich des siebten Toas, muss der Spieler die sechs Regionen Mata Nuis erkunden, in denen sich alles um die Elementarkräfte dreht - ein Tropenparadies mit hohen Bergen, riesigen Seen und mächtigen Vulkanen - und die auf der Insel verstreuten Matoran retten sowie den Fluch der Dunkelheit brechen, den der böse Makuta auf die Insel gelegt hat.