Der fiese Bowser hat mal wieder Prinzessin Peach gekidnappt. Und damit ihm diesmal nicht schon wieder Mario dazwischenfunkt, hat er sich mit ihr in eine andere Dimension verkrümelt. Doch der beliebteste Klempner von allen ist nicht so leicht abzuschütteln, besonders dann nicht, wenn man wie Bowser ständig dumme Fehler macht. Diesmal hat er seinen Spherifier, mit dem er sich in die neue Dimension geschossen hat, schlicht vergessen und so gelingt es Mario mit Hilfe eines Wissenschaftlers, ebenfalls in diese Welt zu kommen. Allerdings wird er dazu in die Form einer Flipperkugel transformiert. Doch diese neue Gestalt bietet auch ganz neue Vorteile bei der Bekämpfung von Gegnern. Und so kugelt der kleine Klempner munter gegen Goombas und Monty Moles und haut seine zahlreichen Gegner einfach von den Füßen. In vielen Bossfights erobert er die begehrten Sternschlüssel, mit denen er sich schließlich Zugang zu Bowsers Geheimversteck verschaffen kann.