Yoshi Island wurde von einem geheimnisvollen Geist in einem verzauberten Buch eingeschlossen. Daher macht sich der grüne Dinosaurier auf in ein brandneues Abenteuer, das ein bisschen anders ist als man das sonst so kennt. Im Game Pak ist nämlich ein Bewegungssensor eingebaut, der bewirkt, dass sich Yoshis Welt um ihn herum dreht, wenn du deinen Game Boy Advance auf und ab bewegst. Deine Aufgabe im Spiel ist es, den unerschrockenen Dino durch zahlreiche riskante Level zu führen, in denen du an Wänden hoch klettern und sogar auf einem Ball durch die Gegend rollen kannst, um Yoshis Freunde zu retten. Wenn du dir einen Stern krallst, erreichst du das nächste Level.