Am Ende von Der Herr der Ringe - Die Gefährten - Boromir (Sean Bean) ist inzwischen gefallen und Gandalf der Graue (Sir Ian McKellen) in den Abgrund von Khazad-dûm gestürzt - trennen sich die Gefährten. Sie ziehen in drei Gruppen weiter, sind aber nach wie vor felsenfest entschlossen, Frodos heroische Aufgabe zu unterstützen.

Der Herr der Ringe - Die zwei Türme beginnt in den Bergen von Emyn Muil:
Die Hobbits Frodo (Elijah Wood) und Sam (Sean Astin) haben sich verlaufen und merken, dass sie von dem geheimnisvollen, äußerst überzeugend animierten Gollum (Andy Serkis) verfolgt werden. Dieses Wesen lässt sich nicht einordnen - weil es dem Ring zu lange ausgesetzt war, hat es fast seinen Verstand verloren. Gollum verspricht den Hobbits, sie nach Mordor zu geleiten...

Weit entfernt erreichen Aragorn (Viggo Mortensen), der Elben-Schütze Legolas (Orlando Bloom) und Gimli der Zwerg (John Rhys-Davies) das schwer heimgesuchte Königreich Rohan. Dessen einst mächtiger König Théoden (Bernard Hill) leidet unter dem tödlichen Fluch des bösen Zauberers Saruman des Weißen (Christopher Lee), der mit Gríma Schlangenzunge (Brad Dourif) über einen Spion und Helfershelfer am Hofe verfügt.
Éowyn (Miranda Otto), die Nichte des Königs, erkennt sofort Aragorns überragende Führungsqualitäten. Und obwohl Aragorn sich zu ihr hingezogen fühlt, denkt er ständig an seine unsterbliche Liebe zur Elbin Arwen (Liv Tyler) und ihren gemeinsamen Pakt. Gandalf wird nach dem katastrophalen Duell mit Balrog als Gandalf der Weiße wiedergeboren - er erinnert Aragorn an seine Aufgabe:
Die Völker von Rohan und Gondor müssen vereint werden, um als letztes Bollwerk der Menschen überhaupt eine Chance zum Widerstand zu haben...

Inzwischen gelingt es den Hobbits Merry (Dominic Monaghan) und Pippin (Billy Boyd), aus der Gefangenschaft der monströsen Uruk-hai-Krieger zu entkommen. Im geheimnisvollen Fangorn-Wald finden sie unerwartete Unterstützung:
Baumbart ist ein uralter Baumhirte, der gehen und sprechen kann - er zählt zu den ältesten Bewohnern von Mittelerde und versucht nun die Vernichtung des Waldes durch Saruman zu verhindern...

Auf ihren parallel verlaufenden Reisen stellen sich die Gefährten der Übermacht der zwei Türme - Orthanc in Isengard, wo Saruman eine zehntausendköpfige Armee schier unüberwindlicher Krieger aufgestellt hat, und Saurons Festung Barad-dûr tief im Innern von Mordor. Der Herr der Ringe - Die zwei Türme gipfelt in der überwältigenden Schlacht um die Fluchtburg in Helms Klamm:
In dieser uralten Felsenburg werden die Bewohner von Rohan von den Uruk-hai-Kriegern belagert.