Ein Jahr ist vergangen, seit das Unheil auf Sauria abgewendet und Andross´ Armee nahezu ausgelöscht wurde.... Doch aus der Finsternis des Alls steigt nun eine neue Bedrohung empor! Die Spezies der Aparoiden - beseelt vom Streben, sämtliche Lebewesen und Maschinen zu assimilieren und ihrem kollektiven Bewusstsein einzuverleiben - breitet sich erbarmungslos ais. Nur das Star Fox-Team kann sie jetzt noch aufhalten und den Untergang des Lylat-Sytems verhindern.