Der knuddelige Langfinger kehrt zurück, um die diebischen Waschbärfertigkeiten, die er im erfolgreichen Vorgängertitel Sly Raccoon erworben hat, erneut gekonnt einzusetzen. Wie eine Zeichentrick-Version von Sam Fisher schleicht sich Sly durch Abzugsrohre, über Häuserdächer und an allen möglichen Wachen vorbei, um an seine Beute zu gelangen. Diesmal hat er es auf die Einzelteile seines deaktivierten Widersachers Clockwerk abgesehen, die zu einem teuflischen Zweck entwendet wurden.