Shinichi Kudo ist ein erfolgreicher junger Detektiv, der für die Polizei schon so manchen kniffligen Kriminalfall gelöst hat.
Eines Tages wird er von zwei mysteriösen Männern in Schwarz niedergeschlagen und gezwungen, einen vermeintlichen tödlichen Trunk zu sich zu nehmen. Somit soll Shinichi , der dem organisierten Verbrechen schon lange ein Dorn im Auge ist, außer Gefecht gesetzt werden. Doch Shinichi schrumpft lediglich auf Kindergröße zurück.
Er legt sich eine neue Identität zu und nennt sich fortan Conan Edogawa - nach seinem Idol, dem Kriminalbuchautoren Sir Arthur Conan Doyle und dem japanischen Kriminalautoren Ranpo Edogawa - und nimmt den Kampf gegen das Verbrechen wieder auf. Conans vorrangiges Ziel ist es jedoch, die Männer in Schwarz zu finden und ihnen das Gift abzujagen.
Unterstützt wird Conan durch Prof. Agesa, einer der ganz wenigen Personen, die Conans wahre Identität kennen. Dieser hofft auf Grundlage des Giftes einen Gegenmittel herstellen zu können...

Episoden:
DVD 1:
- Die tödliche Perlenkette
- Kleiner Mann ganz groß
- Die Doppelgängerin

DVD 2:
- Mord bei Mondschein - Teil 1
- Mord bei Mondschein - Teil 2
- Der Schein trügt

DVD 3:
- Das Alptraumschiff - Teil 1
- Das Alptraumschiff - Teil 2
- Die Frau ohne Gedächtnis