In einer stürmischen Nacht zieht die Crew eines italienischen Fischerbootes einen halbtoten Mann aus dem Wasser. Trotz der zwei Kugeln in seinem Rücken erholt er sich schnell, kann sich aber an nichts mehr erinnern, nicht mal an seinen eigenen Namen. Dafür beherrscht er mehrere Sprachen und andere Fertigkeiten, die ihn selbst verblüffen.

Ein geheimnisvolles Laserimplantat in seiner Hüfte ist der einzige Hinweis auf seine Identität. Da es sich dabei um die Nummer eines Schweizer Bankkontos handelt, macht er sich auf den Weg nach Zürich.

Was er in dem Schließfach zu dem Bankkonto findet, wirft bei dem Mann ohne Gedächtnis nur weitere Fragen auf. Wie passen Banknoten in verschiedenen Währungen, sechs unterschiedliche Pässe und ein Revolver zusammen? Ist er ein Verbrecher oder etwa ein Spion? Als er die Bank wieder verlässt, scheint die gesamte Schweizer Polizei hinter ihm her zu sein. Er flüchtet ins amerikanische Konsulat, da einer seiner Ausweise auf den Namen Jason Bourne ausgestellt ist: angeblich ein US-Bürger mit Wohnsitz in Paris.
Aber auch in der Botschaft ist Bourne seines Lebens nicht sicher. Nur dank ausgefeilter Kampftechnik kann er seinen Gegnern entrinnen. Zufällig läuft er dabei der deutschen Studentin Marie Kreutz über den Weg. Um noch mehr über seine Bourne-Identität herauszufinden, überredet er sie, ihn für 20.000 Dollars nach Paris zu fahren.

Ein höllischer Abenteuertrip quer durch Europa nimmt seinen Lauf. In der Pariser Wohnung werden Jason und Marie von einem Unbekannten aus dem Hinterhalt überfallen. Nach erbittertem Kampf gelingt es Jason, den Angreifer zu überwältigen. Doch anstatt ihm seine brennenden Fragen zu beantworten, stürzt er sich aus dem Fenster. In was für eine Sache sind Jason und Marie da hineingeraten?
Mittlerweile sind ihnen nicht nur Polizisten, sondern außerdem undurchsichtige Agenten und gnadenlose Profikiller auf den Fersen. Je näher Bourne der Wahrheit kommt, desto weniger scheint sein Leben wert zu sein. Und für Marie gilt: mit gefangen - mit gehangen. Bald gibt es keinen Ort mehr, an dem die zwei sicher sind...