Wie der Name vermuten lässt, schlüpfen Sie dabei in die Rolle des Filmhelden Neo und durchleben die wichtigsten Schlüsselmomente der Kinotrilogie. Weitere bekannte Charaktere wie Morpheus, Trinity sowie Agent Smith haben allesamt ebenfalls einen Gastauftritt. Wie schon bei Enter the Matrix zeichnen die Wachowski Brüder für das Storyskript des Spiels verantwortlich.

Alle wichtigen Szenen aus der Matrix Trilogie können zusammen mit den Hauptdarstellern Keanu Reeves ("Neo"), Laurence Fishburne ("Morpheus"), Carrie-Ann Moss ("Trinity") und Hugo Weaving ("Agent Smith") erlebt werden. Weiterhin werden viele Ausschnitte aus der gesamten Trilogie inklusive Szenen aus "The Animatrix" im Spiel zu sehen sein.