Im Jahr 20xx greift eine Cyer-Terroristen-Gruppe die Welt mit einem gefährlichen Computervirus an. Dieser Virus grasiert im Internet und hat es sich zum Ziel gemacht, die Herrschaft über alle Truppen der Welt-Nationen zu erlangen. Gemeinsam mit Marco, Fio, sowie den neuen Metal Slug Teammitgliedern Trevor und Nadia setzen Sie alles daran die Verbreitung des Viruses zu verhindern, bevor es zu spät ist ...