Die Psychonauts haben jahrelang ihre Agenten auf der ganzen Welt eingesetzt. Ausgestattet mit Psi-Kräften hätten sie nie gedacht, dass es Ärger in ihren eigenen Reihen geben wird: aber irgendjemand entführt ihre Studenten aus den Ausbildungsstätten! Ein Kadett, der mysteriöse und starke Raz, stellt sich dem zunächst unbekannten Gegner. Sie übernehmen die Rolle von Raz und finden schnell heraus, dass es sich bei dem Entführer um einen geistig gestörten Wissenschaftler handelt, der es auf die Gehirne der entführten Studenten abgesehen hat, die er für seine Experimente benötigt. Das Action-Adventure bietet völlig unterschiedliche Levels, die sowohl in der realen Welt als auch in der Geistwelt der Psychonauts angesiedelt sind. Raz gewinnt von Level zu Level an Erfahrung und erlernt neue Fähigkeiten. Dabei ist er den Einwohnern behilflich, ihre Gedanken neu zu ordnen, um ihnen zu höherer mentaler Leistung zur verhelfen...