In Metal Slug 5 erwartet Sie jede Menge Action. Ein Forschungskomplex in dem die neuste Generation der Metal Slugs entwicklt wird, wurde von unbekannten Truppen überfallen und ein Datenträger entwendet! Auf diesem befinden sich sämtliche Geheimnisse über Metal Slug. Als Marco, Tarma, Eri und Fio machen Sie sich auf, um die Informationen zurück zu erlangen... Fünf gigantische Runden mit zahlreichen neuen Gegnern. Treten Sie gegen die ultimative Zerstörungswaffe, die "The Doomsday Machine" an. Diese vereint die geheimnisvollen Kräfte einer altertümlichen Ruine mit denen der Metal Slug Forschung. Stürmen Sie die gigantische Unterwasser-Festungen Ihrer Gegner. Finden Sie die Fabrik, in der anhand der geklauten Daten der Next-Gen Metal Slug gebaut werden soll.