Ein Metal Slug-Versuchslabor inmitten schweren Feuers paramilitärischer Einheiten. Und als ob das nicht für einen weiteren Weltkrieg reicht, verschwindet noch eine geheime Daten-CD. Der Datenträger beinhaltet Forschungsergebnisse der neuesten Metal Slug Generation. Nun liegt es an den Söldnern Fio, Marco, Trevor und Eri, dem kriegerischen Treiben der Ptolemaic Army ein Ende zu bereiten. Sonst rückt der Weltfriede in weite Ferne.