Die Geschichte spielt in einer dunklen Zeit der chinesischen Geschichte (476 206 v. Chr.). Diese turbulente Ära markierte die Zeit der Zerschlagung der Zhou, der in der Geschichte Chinas am längsten regierenden Dynastie. Unzufriedenheit und Chaos brachten einen unbezwingbaren Adligen hervor, der kompromisslose Visionen der Zukunft vertrat Ying Zheng, der Herrscher der Provinz Qin. Er macht vor nichts halt, um die Wiedervereinigung der zerstrittenen chinesischen Königreiche herbeizuführen. Auf Basis historischer Fakten, gemischt mit alten Legenden und mystischen Sagen, führt World of Qin Siegel der Verdammnis den Spieler in ein episches Abenteuer aus der Zeit der Invasion der Qin-Horden, als diese in die friedliche Provinz Ost-Baiyue eindringen. Lan Wie, die Tocher des ermordeten Lan Xiong, macht sich mit ihren Freunden Yan Hong und dem Tiermenschen Liang Hu auf den Weg, um die Siegel der Verdammnis zu finden und die Qin aufzuhalten.